Assim como no primeiro jogo da série, as lutas eram divididas em três rounds. O lutador que conseguisse vencer dois rounds teria a possibilidade de executar o oponente usando seu fatality. Foram introduzidas outras finalizações, como os babalities, friendships, e os fatalities do estágio.
Os personagens de Mortal Kombat II tiveram um acabamento melhor. Isso se deve ao fato que, além da digitalização das imagens, foram acrescentadas melhorias feitas a mão, desenhando-se sobre as imagens. O jogo ficou menos sério que o antecessor, com adição das finalizações divertidas em contraponto com os fatalities.
Depois da derrota,jurando lealdade a Shao Kahn, Shang Tsung teve sua vida poupada. Ele disse a Shao Kahn que o Mortal Kombat deveria ocorrer em Outworld, convidando assim os heróis de Earthrealm para o torneio. Kahn aceitou seu plano e devolveu a juventude a Tsung. Ele mandou uma mensagem para Raiden dizendo onde deveriam se encontrar, juntamente como seus guerreiros, em Outworld. O torneio é perigoso, tendo Shao Kahn a vantagem de lutar em seu reino, a sua vitória acarretaria na fúria de Outworld contra Earthrealm.